一般情况下，孕早期孕酮低、有褐色分泌物可能是先兆流产、胚胎停止发育等因素引起的，建议患者根据自身情况，选择合适的方式来处理。具体分析如下：

1.先兆流产：孕早期孕酮低、有褐色分泌物通常是先兆流产的常见表现，也可能会引起腹部疼痛、阴道少量出血等症状。建议患者在医生的指导下服用黄体酮胶囊、千金保孕丸等药物进行治疗，并多卧床休息，保持良好的心情。

2.胚胎停止发育：怀孕早期孕酮低、有褐色分泌物也可能是胚胎停止发育引起的，一般与染色体出现异常有关。通常需要及时终止妊娠，患者可以在医生的指导下服用米非司酮片、米索前列醇片等药物进行药物流产，或是通过无痛人工流产术进行处理。